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show all sequences of 5.3.99.2

Mechanism of metal activation of human hematopoietic prostaglandin D synthase

Inoue, T.; Irikura, D.; Okazaki, N.; Kinugasa, S.; Matsumura, H.; Uodome, N.; Yamamoto, M.; Kumasaka, T.; Miyano, M.; Kai, Y.; Urade, Y.; Nat. Struct. Biol. 10, 291-296 (2003)

Data extracted from this reference:

Cloned(Commentary)
Commentary
Organism
-
Homo sapiens
Crystallization (Commentary)
Crystallization
Organism
macro-seeding using a solution containing 14% polyethylene glycol 6000, 50 mM Tris-HCl, pH 8.4, 5 mM reduced glutathione, 5 mM dithiothreitol, 2.5 mM CaCl2 or MgCl2 and 1% dioxane, structure resolution at 1.8 A
Homo sapiens
Engineering
Amino acid exchange
Commentary
Organism
D93N
not activated by Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
D96N
very high basal activity, no activation in the presence of Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
D97N
not activated by Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
Metals/Ions
Metals/Ions
Commentary
Organism
Structure
Ba2+
increase in activity
Homo sapiens
Ca2+
half maximal effective concentration at 0.4 mM, 1.5fold increase in activity
Homo sapiens
Mg2+
half maximal effective concentration at 0.05 mM, 1.5fold increase in activity, Mg2+ increases the affinity for glutathione
Homo sapiens
Sr2+
increase in activity
Homo sapiens
Natural Substrates/ Products (Substrates)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,11alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate + glutathione
Homo sapiens
-
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate + glutathione
-
Homo sapiens
?
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Homo sapiens
O60760
-
-
Purification (Commentary)
Commentary
Organism
recombinant PDGS
Homo sapiens
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,11alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate + glutathione
-
653299
Homo sapiens
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate + glutathione
-
653299
Homo sapiens
?
Subunits
Subunits
Commentary
Organism
dimer
crystallization
Homo sapiens
Cofactor
Cofactor
Commentary
Organism
Structure
glutathione
-
Homo sapiens
Cloned(Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
-
Homo sapiens
Cofactor (protein specific)
Cofactor
Commentary
Organism
Structure
glutathione
-
Homo sapiens
Crystallization (Commentary) (protein specific)
Crystallization
Organism
macro-seeding using a solution containing 14% polyethylene glycol 6000, 50 mM Tris-HCl, pH 8.4, 5 mM reduced glutathione, 5 mM dithiothreitol, 2.5 mM CaCl2 or MgCl2 and 1% dioxane, structure resolution at 1.8 A
Homo sapiens
Engineering (protein specific)
Amino acid exchange
Commentary
Organism
D93N
not activated by Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
D96N
very high basal activity, no activation in the presence of Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
D97N
not activated by Ca2+ or Mg2+
Homo sapiens
Metals/Ions (protein specific)
Metals/Ions
Commentary
Organism
Structure
Ba2+
increase in activity
Homo sapiens
Ca2+
half maximal effective concentration at 0.4 mM, 1.5fold increase in activity
Homo sapiens
Mg2+
half maximal effective concentration at 0.05 mM, 1.5fold increase in activity, Mg2+ increases the affinity for glutathione
Homo sapiens
Sr2+
increase in activity
Homo sapiens
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,11alpha-epidioxy-15-hydroxyprosta-5,13-dienoate + glutathione
Homo sapiens
-
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate + glutathione
-
Homo sapiens
?
Purification (Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
recombinant PDGS
Homo sapiens
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
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Homo sapiens
(5Z,13E)-(15S)-9alpha,15-dihydroxy-11-oxoprosta-5,13-dienoate + glutathione
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Subunits (protein specific)
Subunits
Commentary
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dimer
crystallization
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Other publictions for EC 5.3.99.2
No.
1st author
Pub Med
title
organims
journal
volume
pages
year
Activating Compound
Application
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Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
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Localization
Metals/Ions
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Posttranslational Modification
Purification (Commentary)
Reaction
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Subunits
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Cofactor
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Crystallization (Commentary) (protein specific)
Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
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Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [°C] (protein specific)
Temperature Range [°C] (protein specific)
Temperature Stability [°C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
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pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
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Expression
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Lipocalin-type prostaglandin ...
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Development of pH-independent ...
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Lipocalin-type prostaglandin D ...
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Prostaglandin profiling revea ...
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Int. J. Obes.
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Role of lipocalin-type prosta ...
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Hohwy
Novel prostaglandin D synthase ...
Homo sapiens
J. Med. Chem.
51
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179
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Nitrosative stress with HIV de ...
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70
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Eichele
Decisive role of cyclooxygenas ...
Homo sapiens
Oncogene
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Ragolia
Lipocalin-type prostaglandin D ...
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Chen
Relationship between contents ...
Homo sapiens
Biochemistry (Moscow)
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Park
Hematopoietic prostaglandin D ...
Homo sapiens, Mus musculus
Cancer Res.
67
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Joo
Induction and function of lipo ...
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Prostaglandin D synthase isofo ...
Homo sapiens
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Mohri
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Proc. Natl. Acad. Sci. USA
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Clin. Chim. Acta
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Zhu
L-prostaglandin D synthase exp ...
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Localization of lipocaline-typ ...
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First determination of the inh ...
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Effects of interleukin-1beta a ...
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J. Cereb. Blood Flow Metab.
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Mechanism of metal activation ...
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Nat. Struct. Biol.
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Kanaoka
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Intravenous administration of ...
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A particle concentration fluor ...
Rattus norvegicus
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