BRENDA - Enzyme Database
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Thermodynamic, kinetic and structural basis for recognition and repair of abasic sites in DNA by apurinic/apyrimidinic endonuclease from human placenta

Beloglazova, N.G.; Kirpota, O.O.; Starostin, K.V.; Ishchenko, A.A.; Yamkovoy, V.I.; Zharkov, D.O.; Douglas, K.T.; Nevinsky, G.A.; Nucleic Acids Res. 32, 5134-5146 (2004)

Data extracted from this reference:

Inhibitors
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
(pA)10
-
Homo sapiens
(pA)10*d(pT)10
-
Homo sapiens
(pA)11*d(pT)11
-
Homo sapiens
(pA)12
-
Homo sapiens
(pA)16
-
Homo sapiens
(pA)16*d(pT)16
-
Homo sapiens
(pA)2
-
Homo sapiens
(pA)3
-
Homo sapiens
(pA)4
-
Homo sapiens
(pA)4*d(pT)4
-
Homo sapiens
(pA)6
-
Homo sapiens
(pA)6*d(pT)6
-
Homo sapiens
(pA)8
-
Homo sapiens
(pA)8*d(pT)8
-
Homo sapiens
(pA)9
-
Homo sapiens
(pC)10
-
Homo sapiens
(pC)14
-
Homo sapiens
(pC)2
-
Homo sapiens
(pC)4
-
Homo sapiens
(pC)6
-
Homo sapiens
(pC)8
-
Homo sapiens
(pU)10
-
Homo sapiens
(pU)10*(pA)10
-
Homo sapiens
(pU)11
-
Homo sapiens
(pU)16
-
Homo sapiens
(pU)16*(pA)16
-
Homo sapiens
(pU)4
-
Homo sapiens
(pU)4*(pA)4
-
Homo sapiens
(pU)6
-
Homo sapiens
(pU)6*(pA)6
-
Homo sapiens
(pU)8
-
Homo sapiens
(pU)9
-
Homo sapiens
(pU)9*(pA)9
-
Homo sapiens
AMP
-
Homo sapiens
CMP
-
Homo sapiens
d(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))
-
Homo sapiens
d(p(2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate))
-
Homo sapiens
d(pA)10
-
Homo sapiens
d(pA)10*d(pT)10
-
Homo sapiens
d(pA)12
-
Homo sapiens
d(pA)12*d(pT)12
-
Homo sapiens
d(pA)14
-
Homo sapiens
d(pA)14*d(pT)14
-
Homo sapiens
d(pA)16
-
Homo sapiens
d(pA)16*d(pT)16
-
Homo sapiens
d(pA)2
-
Homo sapiens
d(pA)2*d(pT)2
-
Homo sapiens
d(pA)20*(pT)20
-
Homo sapiens
d(pA)4
-
Homo sapiens
d(pA)4*d(pT)4
-
Homo sapiens
d(pA)6
-
Homo sapiens
d(pA)6*d(pT)6
-
Homo sapiens
d(pA)8
-
Homo sapiens
d(pA)8*d(pT)8
-
Homo sapiens
d(pC)10
-
Homo sapiens
d(pC)11
-
Homo sapiens
d(pC)13
-
Homo sapiens
d(pC)2
-
Homo sapiens
d(pC)3
-
Homo sapiens
d(pC)5
-
Homo sapiens
d(pC)7
-
Homo sapiens
d(pC)9
-
Homo sapiens
d(pG)2
-
Homo sapiens
d(pG)4
-
Homo sapiens
d(pG)6
-
Homo sapiens
d(pG)8
-
Homo sapiens
d(pT)10
-
Homo sapiens
d(pT)11
-
Homo sapiens
d(pT)12
-
Homo sapiens
d(pT)14
-
Homo sapiens
d(pT)15
-
Homo sapiens
d(pT)2
-
Homo sapiens
d(pT)3
-
Homo sapiens
d(pT)4
-
Homo sapiens
d(pT)6
-
Homo sapiens
d(pT)8
-
Homo sapiens
dAMP
-
Homo sapiens
dCMP
-
Homo sapiens
dGMP
-
Homo sapiens
dTMP
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))3pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))5pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))7pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))9pT]
-
Homo sapiens
NaH2PO4
-
Homo sapiens
UMP
-
Homo sapiens
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Homo sapiens
-
-
-
Source Tissue
Source Tissue
Commentary
Organism
Textmining
placenta
-
Homo sapiens
-
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
(pT)7(p(2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate))(pT)6
-
666478
Homo sapiens
?
-
-
-
?
oligodeoxynucleotide with abasic site 2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate
-
666478
Homo sapiens
?
-
-
-
?
Ki Value [mM]
Ki Value [mM]
Ki Value maximum [mM]
Inhibitor
Commentary
Organism
Structure
0.00033
-
d(pA)10*d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)14*d(pT)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)16*d(pT)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)20*(pT)20
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00036
-
d(pA)12*d(pT)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.001
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))9pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00166
-
d(pA)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00166
-
d(pA)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0017
-
d(pA)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0017
-
d(pA)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0023
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))7pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pA)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)10*d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)11*d(pT)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)16*d(pT)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00257
-
d(pT)15
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)13
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0047
-
d(pC)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0052
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))5pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0054
-
d(pG)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0063
-
(pA)8*d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00759
-
(pA)4*d(pT)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0083
-
d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0093
-
d(pA)8*d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
d(pC)7
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
(pU)10*(pA)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
(pU)16*(pA)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0117
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))3pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0118
-
d(pA)6*d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0144
-
d(pG)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0166
-
(pU)6*(pA)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0167
-
(pU)9*(pA)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0172
-
d(pA)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0214
-
(pA)6*d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0217
-
d(pC)5
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0246
-
d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.025
-
(p(2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate))
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0266
-
d(pA)4*d(pT)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0267
-
(pA)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0269
-
(pA)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.03
-
(pA)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.03
-
(pA)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.033
-
d(pA)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0366
-
d(pA)2*d(pT)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0367
-
(pA)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.038
-
(pC)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0383
-
d(pG)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0447
-
(pC)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.045
-
d(pT)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.05
-
d(pA)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.059
-
d(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.06
-
d(pC)3
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0667
-
d(pT)3
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0708
-
(pC)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.1
-
(pA)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.102
-
d(pG)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.1166
-
d(pT)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.12
-
(pC)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.135
-
(pU)4*(pA)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.14
-
d(pC)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.157
-
(pU)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.158
-
(pU)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.158
-
(pU)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.159
-
(pU)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.1633
-
dCMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.1633
-
dTMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.165
-
dAMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.1666
-
dGMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.178
-
(pU)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.183
-
(pA)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.199
-
(pA)3
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.214
-
(pC)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.263
-
(pA)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.316
-
(pC)2
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.339
-
(pU)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.36
-
NaH2PO4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.373
-
AMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.447
-
CMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.7
-
(pU)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
1.873
-
UMP
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
Inhibitors (protein specific)
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
(pA)10
-
Homo sapiens
(pA)10*d(pT)10
-
Homo sapiens
(pA)11*d(pT)11
-
Homo sapiens
(pA)12
-
Homo sapiens
(pA)16
-
Homo sapiens
(pA)16*d(pT)16
-
Homo sapiens
(pA)2
-
Homo sapiens
(pA)3
-
Homo sapiens
(pA)4
-
Homo sapiens
(pA)4*d(pT)4
-
Homo sapiens
(pA)6
-
Homo sapiens
(pA)6*d(pT)6
-
Homo sapiens
(pA)8
-
Homo sapiens
(pA)8*d(pT)8
-
Homo sapiens
(pA)9
-
Homo sapiens
(pC)10
-
Homo sapiens
(pC)14
-
Homo sapiens
(pC)2
-
Homo sapiens
(pC)4
-
Homo sapiens
(pC)6
-
Homo sapiens
(pC)8
-
Homo sapiens
(pU)10
-
Homo sapiens
(pU)10*(pA)10
-
Homo sapiens
(pU)11
-
Homo sapiens
(pU)16
-
Homo sapiens
(pU)16*(pA)16
-
Homo sapiens
(pU)4
-
Homo sapiens
(pU)4*(pA)4
-
Homo sapiens
(pU)6
-
Homo sapiens
(pU)6*(pA)6
-
Homo sapiens
(pU)8
-
Homo sapiens
(pU)9
-
Homo sapiens
(pU)9*(pA)9
-
Homo sapiens
AMP
-
Homo sapiens
CMP
-
Homo sapiens
d(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))
-
Homo sapiens
d(p(2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate))
-
Homo sapiens
d(pA)10
-
Homo sapiens
d(pA)10*d(pT)10
-
Homo sapiens
d(pA)12
-
Homo sapiens
d(pA)12*d(pT)12
-
Homo sapiens
d(pA)14
-
Homo sapiens
d(pA)14*d(pT)14
-
Homo sapiens
d(pA)16
-
Homo sapiens
d(pA)16*d(pT)16
-
Homo sapiens
d(pA)2
-
Homo sapiens
d(pA)2*d(pT)2
-
Homo sapiens
d(pA)20*(pT)20
-
Homo sapiens
d(pA)4
-
Homo sapiens
d(pA)4*d(pT)4
-
Homo sapiens
d(pA)6
-
Homo sapiens
d(pA)6*d(pT)6
-
Homo sapiens
d(pA)8
-
Homo sapiens
d(pA)8*d(pT)8
-
Homo sapiens
d(pC)10
-
Homo sapiens
d(pC)11
-
Homo sapiens
d(pC)13
-
Homo sapiens
d(pC)2
-
Homo sapiens
d(pC)3
-
Homo sapiens
d(pC)5
-
Homo sapiens
d(pC)7
-
Homo sapiens
d(pC)9
-
Homo sapiens
d(pG)2
-
Homo sapiens
d(pG)4
-
Homo sapiens
d(pG)6
-
Homo sapiens
d(pG)8
-
Homo sapiens
d(pT)10
-
Homo sapiens
d(pT)11
-
Homo sapiens
d(pT)12
-
Homo sapiens
d(pT)14
-
Homo sapiens
d(pT)15
-
Homo sapiens
d(pT)2
-
Homo sapiens
d(pT)3
-
Homo sapiens
d(pT)4
-
Homo sapiens
d(pT)6
-
Homo sapiens
d(pT)8
-
Homo sapiens
dAMP
-
Homo sapiens
dCMP
-
Homo sapiens
dGMP
-
Homo sapiens
dTMP
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))3pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))5pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))7pT]
-
Homo sapiens
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))9pT]
-
Homo sapiens
NaH2PO4
-
Homo sapiens
UMP
-
Homo sapiens
Ki Value [mM] (protein specific)
Ki Value [mM]
Ki Value maximum [mM]
Inhibitor
Commentary
Organism
Structure
0.00033
-
d(pA)10*d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)14*d(pT)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)16*d(pT)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00033
-
d(pA)20*(pT)20
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00036
-
d(pA)12*d(pT)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.001
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))9pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00166
-
d(pA)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00166
-
d(pA)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0017
-
d(pA)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0017
-
d(pA)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0023
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))7pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pA)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)12
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
d(pT)14
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)10*d(pT)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)11*d(pT)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0025
-
(pA)16*d(pT)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00257
-
d(pT)15
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)11
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0033
-
d(pC)13
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0047
-
d(pC)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0052
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))5pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0054
-
d(pG)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0063
-
(pA)8*d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.00759
-
(pA)4*d(pT)4
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0083
-
d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0093
-
d(pA)8*d(pT)8
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
d(pC)7
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
(pU)10*(pA)10
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.01
-
(pU)16*(pA)16
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0117
-
d[(p((3-hydroxytetrahydrofuran-2-yl)methyl phosphate))3pT]
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0118
-
d(pA)6*d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0144
-
d(pG)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0166
-
(pU)6*(pA)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0167
-
(pU)9*(pA)9
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0172
-
d(pA)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0214
-
(pA)6*d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0217
-
d(pC)5
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0246
-
d(pT)6
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.025
-
(p(2,3-dihydroxy-5-oxopentyl phosphate))
pH 7.6, 37C
Homo sapiens
0.0266
-
d(pA)4*d(pT)4
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Ilina
Unusual interaction of human ...
Homo sapiens
Biochimie
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Guay
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Futagami
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9332-9341
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Identification of sesquiterpen ...
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Unusual role of a cysteine res ...
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APE/Ref-1 makes fine-tuning of ...
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Alterations in the expression ...
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Bogani
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Down-regulation of apurinic/ap ...
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Carpenter
AP endonuclease paralogues wit ...
Neisseria meningitidis
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Kanno
A novel human AP endonuclease ...
Homo sapiens
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Pyrobaculum aerophilum, Pyrobaculum aerophilum DSM 7523
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Mechanism of UV endonuclease V ...
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Purification and amino-termina ...
Bos taurus
Nucleic Acids Res.
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Kow
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648640
Spiering
Drosophila apurinic/apyrimidin ...
Drosophila melanogaster
J. Biol. Chem.
261
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648648
Doetsch
Mechanism of action of a mamma ...
Bos taurus
Biochemistry
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Helland
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Bos taurus
Mol. Cell. Biol.
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Sako
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Isolation and characterization ...
Desulfotomaculum nigrificans
J. Gen. Microbiol.
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Saccharomyces cerevisiae
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Frost
Partial purification and chara ...
Chlamydomonas reinhardtii
Biochim. Biophys. Acta
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170-176
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Brictreux-Gregoire
The apurinic/apyrimidinic endo ...
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Eur. J. Biochem.
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Katcher
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Foury
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Talpaert-Borle
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Grafstrom
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Enzymatic repair of pyrimidine ...
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Nakabeppu
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Thibodeau
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Rattus norvegicus
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Properties of the main endonuc ...
Escherichia coli
Eur. J. Biochem.
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