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Characterization of Treponema denticola pyrF encoding orotidine-5-monophosphate decarboxylase

Capone, R.F.; Ning, Y.; Pakulis, N.; Alhazzazi, T.; Fenno, J.C.; FEMS Microbiol. Lett. 268, 261-267 (2007)

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Cloned(Commentary)
Commentary
Organism
gene pyrF, organization in the pyr operon, DNA and amino acid sequence determination and analysis, expression analysis, expression in Escherichia coli
Treponema denticola
Engineering
Amino acid exchange
Commentary
Organism
additional information
construction of a null mutant, allelic replacement mutagenesis of pyrF, phenotype, overview, unlike the wild-type strain, an isogenic pyrF mutant is resistant to 5-fluoroorotic acid
Treponema denticola
Inhibitors
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
Uracil
strong feedback inhibition
Treponema denticola
Natural Substrates/ Products (Substrates)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
additional information
Treponema denticola
the enzyme is required for 5-fluoroorotic acid toxicity
?
-
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Orotidine 5'-phosphate
Treponema denticola
the enzyme is required for de novo pyrimidine synthesis catalyzing the key final step in de novo synthesis of UMP
UMP + CO2
-
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?
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
no activity in Treponema pallidum
-
-
-
Treponema denticola
-
strain ATCC 35405, single copy gene pyrF or TDE2110
-
Substrates and Products (Substrate)
Substrates
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Organism
Products
Commentary (Products)
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Organism (Products)
Reversibility
additional information
the enzyme is required for 5-fluoroorotic acid toxicity
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Treponema denticola
?
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Orotidine 5'-phosphate
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Treponema denticola
UMP + CO2
-
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?
Orotidine 5'-phosphate
the enzyme is required for de novo pyrimidine synthesis catalyzing the key final step in de novo synthesis of UMP
679903
Treponema denticola
UMP + CO2
-
-
-
?
Cloned(Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
gene pyrF, organization in the pyr operon, DNA and amino acid sequence determination and analysis, expression analysis, expression in Escherichia coli
Treponema denticola
Engineering (protein specific)
Amino acid exchange
Commentary
Organism
additional information
construction of a null mutant, allelic replacement mutagenesis of pyrF, phenotype, overview, unlike the wild-type strain, an isogenic pyrF mutant is resistant to 5-fluoroorotic acid
Treponema denticola
Inhibitors (protein specific)
Inhibitors
Commentary
Organism
Structure
Uracil
strong feedback inhibition
Treponema denticola
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Natural Substrates
Organism
Commentary (Nat. Sub.)
Natural Products
Commentary (Nat. Pro.)
Organism (Nat. Pro.)
Reversibility
additional information
Treponema denticola
the enzyme is required for 5-fluoroorotic acid toxicity
?
-
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-
Orotidine 5'-phosphate
Treponema denticola
the enzyme is required for de novo pyrimidine synthesis catalyzing the key final step in de novo synthesis of UMP
UMP + CO2
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Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Substrates
Commentary Substrates
Literature (Substrates)
Organism
Products
Commentary (Products)
Literature (Products)
Organism (Products)
Reversibility
additional information
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679903
Treponema denticola
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Orotidine 5'-phosphate
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679903
Treponema denticola
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?
Orotidine 5'-phosphate
the enzyme is required for de novo pyrimidine synthesis catalyzing the key final step in de novo synthesis of UMP
679903
Treponema denticola
UMP + CO2
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organims
journal
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year
Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
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Localization
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Organism
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Posttranslational Modification
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Reaction
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Crystallization (Commentary) (protein specific)
Engineering (protein specific)
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KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
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Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [°C] (protein specific)
Temperature Range [°C] (protein specific)
Temperature Stability [°C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
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Expression
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General Information (protein specific)
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KCat/KM [mM/s] (protein specific)
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Richard
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Rate and equilibrium constant ...
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Enzyme architecture deconstru ...
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Cloning and functional analysi ...
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An alternative explanation for ...
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Dissecting a charged network a ...
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Extremely thermostable orotidi ...
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10704-10708
1996
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1
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4189
Strych
Orotidine-5'-monophate decarbo ...
Pseudomonas aeruginosa
Curr. Microbiol.
29
353-359
1994
-
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1
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1
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1
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4183
Smiley
A unique catalytic and inhibit ...
Mus musculus
Biochemistry
31
12162-12168
1992
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1
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2
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4185
Shostak
Orotidylate decarboxylase: ins ...
Saccharomyces cerevisiae
Biochemistry
31
12155-12161
1992
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4186
Jones
Orotidylate decarboxylase of y ...
Homo sapiens, Mus musculus, Saccharomyces cerevisiae
Curr. Top. Cell. Regul.
33
331-342
1992
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1
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4181
Smiley
Investigation of the enzymatic ...
Saccharomyces cerevisiae
Biochemistry
25
6216-6223
1991
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-
4188
Bell
Purification and characterizat ...
Saccharomyces cerevisiae 15C, Saccharomyces cerevisiae
J. Biol. Chem.
266
12662-12667
1991
-
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4190
Bell
Crystallization and yeast orot ...
Saccharomyces cerevisiae
Proteins Struct. Funct. Genet.
9
143-151
1991
-
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1
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4182
Acheson
Orotidine-5'-monophosphate dec ...
Saccharomyces cerevisiae 15C, Saccharomyces cerevisiae
Biochemistry
29
3198-3202
1990
-
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4174
Oakley
Cloning, mapping and molecular ...
Aspergillus nidulans
Gene
61
385-399
1987
-
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1
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4
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-
4175
Langdon
Study of the kinetic and physi ...
Mus musculus
J. Biol. Chem.
262
13359-13365
1987
-
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1
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-
-
-
4180
Floyd
Isolation and characterization ...
Mus musculus
J. Biol. Chem.
260
9443-9451
1985
-
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1
-
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-
4176
Reiter
-
Orotidine-5'-phosphate decarbo ...
Mus musculus, Rattus norvegicus, Saccharomyces cerevisiae
Methods Enzym. Anal. , 3rd Ed. (Bergmeyer, H. U. , ed. )
4
338-346
1984
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2
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-
4177
Pragobpol
Orotate phosphoribosyltransfer ...
Crithidia luciliae
Arch. Biochem. Biophys.
230
285-293
1984
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4178
Donovan
Purification and characterizat ...
Escherichia coli
J. Bacteriol.
156
620-624
1983
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4179
Levine
Inhibition of orotidine-5'-pho ...
Saccharomyces cerevisiae
Biochemistry
19
4993-3999
1980
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4173
Brody
The purification of orotidine- ...
Saccharomyces cerevisiae
J. Biol. Chem.
254
4238-4244
1979
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4172
Yoshimoto
Orotidylate decarboxylase (yea ...
Saccharomyces cerevisiae
Methods Enzymol.
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74-79
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Brown
Interconversion of different m ...
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Fyfe
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Saccharomyces cerevisiae
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3801-3809
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Shoaf
Uridylic acid synthesis in Ehr ...
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Biochemistry
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Murray
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