BRENDA - Enzyme Database show
show all sequences of 3.8.1.5

Nanosecond time-dependent Stokes shift at the tunnel mouth of haloalkane dehalogenases

Jesenska, A.; Sykora, J.; Olzynska, A.; Brezovsky, J.; Zdrahal, Z.; Damborsky, J.; Hof, M.; J. Am. Chem. Soc. 131, 494-501 (2009)

Data extracted from this reference:

Cloned(Commentary)
Commentary
Organism
mutant enzyme H272F is expressed in Escherichia coli BL21 cells
Rhodococcus rhodochrous
mutant enzyme H280F is expressed in Escherichia coli BL21 cells
Bradyrhizobium japonicum
Organism
Organism
Primary Accession No. (UniProt)
Commentary
Textmining
Bradyrhizobium japonicum
P59337
strain USDA110
-
Bradyrhizobium japonicum USDA 110
P59337
strain USDA110
-
Rhodococcus rhodochrous
-
-
-
Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064
-
-
-
Purification (Commentary)
Commentary
Organism
Ni-NTA column chromatography
Bradyrhizobium japonicum
Ni-NTA column chromatography
Rhodococcus rhodochrous
Cloned(Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
mutant enzyme H280F is expressed in Escherichia coli BL21 cells
Bradyrhizobium japonicum
mutant enzyme H272F is expressed in Escherichia coli BL21 cells
Rhodococcus rhodochrous
Purification (Commentary) (protein specific)
Commentary
Organism
Ni-NTA column chromatography
Bradyrhizobium japonicum
Ni-NTA column chromatography
Rhodococcus rhodochrous
Other publictions for EC 3.8.1.5
No.
1st author
Pub Med
title
organims
journal
volume
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year
Activating Compound
Application
Cloned(Commentary)
Crystallization (Commentary)
Engineering
General Stability
Inhibitors
KM Value [mM]
Localization
Metals/Ions
Molecular Weight [Da]
Natural Substrates/ Products (Substrates)
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Organism
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Reaction
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Application (protein specific)
Cloned(Commentary) (protein specific)
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Engineering (protein specific)
General Stability (protein specific)
IC50 Value (protein specific)
Inhibitors (protein specific)
Ki Value [mM] (protein specific)
KM Value [mM] (protein specific)
Localization (protein specific)
Metals/Ions (protein specific)
Molecular Weight [Da] (protein specific)
Natural Substrates/ Products (Substrates) (protein specific)
Organic Solvent Stability (protein specific)
Oxidation Stability (protein specific)
Posttranslational Modification (protein specific)
Purification (Commentary) (protein specific)
Renatured (Commentary) (protein specific)
Source Tissue (protein specific)
Specific Activity [micromol/min/mg] (protein specific)
Storage Stability (protein specific)
Substrates and Products (Substrate) (protein specific)
Subunits (protein specific)
Temperature Optimum [°C] (protein specific)
Temperature Range [°C] (protein specific)
Temperature Stability [°C] (protein specific)
Turnover Number [1/s] (protein specific)
pH Optimum (protein specific)
pH Range (protein specific)
pH Stability (protein specific)
pI Value (protein specific)
Expression
General Information
General Information (protein specific)
Expression (protein specific)
KCat/KM [mM/s]
KCat/KM [mM/s] (protein specific)
733199
Fibinger
A selection assay for haloalka ...
Rhodococcus rhodochrous, Xanthobacter autotrophicus
Appl. Microbiol. Biotechnol.
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8955-8962
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6
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733202
Nagata
Properties and biotechnologica ...
Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium tumefaciens C58 / ATCC 33970, Alcanivorax dieselolei, Alcanivorax dieselolei B-5, Arthrobacter sp., Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium elkanii USDA94, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Corynebacterium sp., Marinobacter sp., Mesorhizobium loti, Mesorhizobium loti MAFF303099, Mycobacterium avium, Mycobacterium avium N85, Mycobacterium sp., Mycobacterium sp. GP1, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis H37Rv, Mycobacterium tuberculosis variant bovis, Mycobacterium tuberculosis variant bovis 5033/66, Plesiocystis pacifica, Psychrobacter cryohalolentis, Psychrobacter cryohalolentis K5, Rhodobacteraceae bacterium UDC319, Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064, Rhodococcus sp., Rhodopirellula baltica, Rhodopirellula baltica SH1, Sphingobium indicum, Sphingobium indicum B90A, Sphingobium japonicum, Sphingobium japonicum UT26, Sphingobium sp., Sphingobium sp. MI1205, Sphingomonas sp., Sphingomonas sp. BHC-A, Strongylocentrotus purpuratus, Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
Appl. Microbiol. Biotechnol.
99
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734627
Jimenez
Compositional profile of alpha ...
Aeromicrobium marinum, Alcanivorax borkumensis, Anaeromyxobacter sp. K, Chloroflexus sp., Moritella sp., Mycobacterium marinum, Mycolicibacterium vanbaalenii, Oceanicaulis alexandrii, Photobacterium profundum, Salinispora arenicola
Microb. Biotechnol.
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604-613
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734726
Fung
Biochemical and biophysical ch ...
Mycolicibacterium rhodesiae, Mycolicibacterium rhodesiae JS60
Mol. Microbiol.
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439-453
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Guan
Crystal structure of the novel ...
Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium tumefaciens C58 / ATCC 33970
Appl. Microbiol. Biotechnol.
98
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Novak
Biochemical and structural cha ...
Rhodobacteraceae
FEBS Lett.
588
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735137
Li
Biochemical characterization o ...
Alcanivorax dieselolei, Alcanivorax dieselolei B-5
PLoS ONE
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e89144
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Kumar
Cloning, expression, purificat ...
Ancylobacter aquaticus, Ancylobacter aquaticus UV5
Protein Expr. Purif.
99
10-17
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Tratsiak
Crystallographic analysis of n ...
Marinobacter sp., Psychrobacter cryohalolentis, Psychrobacter cryohalolentis K5
Acta Crystallogr. Sect. F
69
683-688
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Fortova
DspA from Strongylocentrotus p ...
Strongylocentrotus purpuratus
Biochimie
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Koudelakova
Haloalkane dehalogenases: biot ...
Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Rhodococcus rhodochrous, Sphingomonas paucimobilis
Biotechnol. J.
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Hasan
The effect of a unique halide- ...
Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium tumefaciens C58 / ATCC 33970
FEBS J.
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Okai
Crystal structure and site-dir ...
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Drienovska
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Directed evolution strategies ...
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Bala
Enzymatic conversion of epsilo ...
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Environ. Sci. Technol.
46
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720038
Biedermannova
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Gehret
Structure and activity of DmmA ...
no activity in Moorea producta, uncultured marine bacterium
Protein Sci.
21
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Westerbeek
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Haloalkane dehalogenase cataly ...
Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Mesorhizobium loti, Mesorhizobium loti MAFF303099, Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064, Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26, Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
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Hasan
Biochemical characteristics of ...
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Appl. Environ. Microbiol.
77
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Hesseler
Cloning, functional expression ...
Plesiocystis pacifica
Appl. Microbiol. Biotechnol.
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Koudelakova
Substrate specificity of haloa ...
Agrobacterium tumefaciens, Agrobacterium tumefaciens C58 / ATCC 33970, Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium elkanii USDA94, Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Mycobacterium tuberculosis variant bovis, Mycobacterium tuberculosis variant bovis 5033/66, Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064, Rhodopirellula baltica, Rhodopirellula baltica SH1, Sphingobium japonicum, Sphingobium japonicum UT26, Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
Biochem. J.
435
345-354
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719460
Chaloupkova
Stereoselectivity and conforma ...
Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110
FEBS J.
278
2728-2738
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695378
Prudnikova
Crystallization and preliminar ...
Bradyrhizobium elkanii, Bradyrhizobium elkanii USDA94
Acta Crystallogr. Sect. F
65
353-356
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Jesenska
Nanosecond time-dependent Stok ...
Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB13064
J. Am. Chem. Soc.
131
494-501
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699773
Murugan
1,2-dichloroethane in haloalka ...
Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
J. Phys. Chem. B
113
3257-3263
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685394
Mazumdar
X-ray crystal structure of Myc ...
Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium tuberculosis H37Rv
Biochim. Biophys. Acta
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351-362
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Otyepka
Second step of hydrolytic deha ...
Sphingomonas paucimobilis
Proteins
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695343
Stsiapanava
Crystals of DhaA mutants from ...
Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064
Acta Crystallogr. Sect. F
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137-140
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698415
Raina
New metabolites in the degrada ...
Sphingobium indicum, Sphingobium indicum B90A
J. Agric. Food Chem.
56
6594-6603
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700803
Mena-Benitez
Engineering a catabolic pathwa ...
Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
Plant Physiol.
147
1192-1198
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684172
Sato
Crystallization and preliminar ...
Bradyrhizobium japonicum
Acta Crystallogr. Sect. F
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Monincova
Weak activity of haloalkane de ...
Sphingobium japonicum
Appl. Environ. Microbiol.
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684753
Ito
Degradation of beta-hexachloro ...
Sphingobium japonicum, Sphingobium japonicum UT26, Sphingobium sp., Sphingobium sp. MI1205
Arch. Microbiol.
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685187
Silberstein
Exploring the binding sites of ...
Rhodococcus sp., Sphingomonas paucimobilis, Xanthobacter autotrophicus
Biochemistry
46
9239-9249
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688462
Negri
Stepwise dissection and visual ...
Sphingobium japonicum
J. Mol. Graph. Model.
26
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Chovancova
Phylogenetic analysis of haloa ...
Agrobacterium tumefaciens, Bradyrhizobium japonicum, Mesorhizobium loti, Mycobacterium avium, Mycobacterium tuberculosis, Mycolicibacterium smegmatis, Rhodococcus sp., Rhodopirellula baltica, Sphingobium japonicum, Xanthobacter autotrophicus
Proteins
67
305-316
2007
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Sharma
Haloalkane dehalogenase LinB i ...
Sphingobium francense, Sphingobium indicum, Sphingobium indicum B90A, Sphingobium indicum Sp+, Sphingobium indicum UT26, Sphingobium japonicum
Appl. Environ. Microbiol.
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5720-5727
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Torz
Metabolism of mono- and dihalo ...
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669639
Banas
Mechanism of enhanced conversi ...
Rhodococcus sp.
J. Comput. Aided Mol. Des.
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375-383
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Pavlova
The identification of catalyti ...
Mycobacterium avium, Mycobacterium avium N85
J. Struct. Biol.
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Nakamura
Expression of glycosylated hal ...
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Protein Expr. Purif.
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Nagata
Degradation of beta-hexachloro ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
Appl. Environ. Microbiol.
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Sato
Two rhizobial strains, Mesorhi ...
Bradyrhizobium japonicum, Bradyrhizobium japonicum USDA 110, Mesorhizobium loti, Mesorhizobium loti MAFF303099
Appl. Environ. Microbiol.
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Jesenska
Cloning, biochemical propertie ...
Mycobacterium tuberculosis variant bovis, Mycobacterium tuberculosis variant bovis 5033/66
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Kmunicek
Quantitative analysis of subst ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
Biochemistry
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Erable
Nonconventional hydrolytic deh ...
Rhodococcus erythropolis, Rhodococcus erythropolis NCIMB 13064, Xanthobacter autotrophicus
Biotechnol. Bioeng.
91
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Dynamic and electrostatic effe ...
Xanthobacter autotrophicus
J. Am. Chem. Soc.
127
1946-1957
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Erable
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Biotransformation of halogenat ...
Rhodococcus erythropolis, Rhodococcus erythropolis NCIMB 13064
Process Biochem.
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Oakley
Crystal structure of haloalkan ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
Biochemistry
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Nam
Dynamics of an enzymatic subst ...
Xanthobacter autotrophicus
J. Am. Chem. Soc.
126
1369-1376
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Haloalkane hydrolysis by Rhodo ...
Rhodococcus erythropolis, Rhodococcus erythropolis NCIMB 13064
Biotechnol. Bioeng.
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Olaniran
Haloalkane and haloacid dehalo ...
Bacillus sp. (in: Bacteria), Burkholderia sp., Corynebacterium sp., Micrococcus sp., Pseudomonas sp.
Chemosphere
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Bosma
Steady-state and pre-steady-st ...
Rhodococcus rhodochrous, Rhodococcus rhodochrous NCIMB 13064
Biochemistry
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Chaloupkova
Modification of acivity and sp ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
J. Biol. Chem.
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Bohac
Halide-stabilizing residues of ...
Rhodococcus erythropolis, Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26, Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
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Exploring the structure and ac ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
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Kmunicek
Comparative binding energy ana ...
Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
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Dravis
Haloalkane hydrolysis with an ...
Rhodococcus rhodochrous
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Crystal structure of a haloalk ...
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The importance of reactant pos ...
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Haloalkane dehalogenases: stea ...
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Crystallographic and kinetic e ...
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Smatanova
Crystallization and preliminar ...
Sphingomonas paucimobilis, Sphingomonas paucimobilis UT26
Acta Crystallogr. Sect. D
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Analysis of the reaction mechn ...
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Krooshof
Kinetic analysis and X-ray str ...
Xanthobacter autotrophicus, Xanthobacter autotrophicus GJ10
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Some biochemical properties an ...
Arthrobacter sp., Arthrobacter sp. HA1, Corynebacterium sp., Pseudomonas sp., Pseudomonas sp. E4M, Rhodococcus erythropolis, Rhodococcus erythropolis CP9, Rhodococcus erythropolis Y2, Xanthobacter autotrophicus
Biotechnol. Appl. Biochem.
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Histidine 289 is essential for ...
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